草部吉见神社的御祭神为神武天皇的长子、名为彦八井耳命,神社的正堂在低于神社大门的下方。是所谓的下宫,这种布置非常罕见。它与鹈户神社(位于宫崎县日南市)、贯前神社(位于群马县富冈市)合称日本三大下宫之一。
它是供奉祭祀包括神武天皇的第一皇子日子八井命在内及其他十二柱神灵的阿苏神社三宫。草部的名字缘由神社的墙壁曾用茅草修葺过而来。到神社正殿需沿石阶而下,是非常罕见的神社。