草部吉見神社の御祭神は神武天皇の長男、彦八井耳命といわれ、社殿が鳥居より下にある、いわゆる下り宮と呼ばれる珍しい配置です。鵜戸神社(宮崎県日南市)、貫前神社(群馬県富岡市)とともに、日本三大下り宮の一つに数えられています。
神武天皇の第一皇子、日子八井命ほか12柱を祀る阿蘇神社の三宮です。草部の名は、宮居の壁を草で葺いたことに由来。社に向かうのに石段を下って行くという大変珍しいお宮です。