阿蘇カルデラの南東側、外輪山に連なる標高550mの高原にある峡谷で、約15kmにわたる峡谷底を五ヶ瀬川が流れています。幅が200~300m、谷壁は阿蘇火砕流堆積物(溶結凝灰岩)で構成される急斜面で、高さは200mほどにも及びます。
阿蘇火砕流が削られてできた、渓谷美が非常に顕著なポイントです。舟の口水源では、柱上節理の様子をよく観察できることでも知られています。